כנסיית סנטה אנה בירושלים מציינת, על פי המסורת הנוצרית את מקום הולדתה של מרים אם ישוע. אנה הקדושה (חנה) שעל שמה נקראת הכנסייה, אשת יהויכין ואימה של מרים. הכנסייה נמצאת בקרבת שער האריות והיא שייכת למסדר הנזירים הצרפתים "האבות הלבנים" (על שום צבע גלימותיהם). בחצר הכנסייה שרידים ארכאולוגיים של מפעלי מים שזוהו עם בריכות בית חסדא, שם על פי המסורת, התרחש נס ריפוי הפיסח, בו ישוע הורה לנכה שלא יכול היה לקום ממקומו במשך שנים רבות, לקום וללכת, וכך היה.
בתקופה הביזנטית (המאה החמישית) נבנתה במתחם כנסייה המוקדשת למריה: כנסיית מרים הקדושה של הפרובטיקה. רצפת הכנסייה הייתה עשויה פסיפס מעוטר בדגמים גאומטריים, ממנו נותר קטע בצד הצפון מזרחי של שטח החפירה. הכנסייה נהרסה כנראה - או במהלך התקופה הפרסית, או שנהרסה מאוחר יותר על ידי אל-חאכם באמר אללה, בתחילת המאה ה-11.
מסורת מהמאה השנייה לספירה מתארת את סיפור לידתה הניסית של מרים להורים חשוכי ילדים, יהויכין וחנה (יואכים ואנה). הסיפור מזכיר מאוד את סיפור חנה מן המקרא: כמוה, הייתה גם אנה עקרה בגיל מבוגר, כמוה נגלה אליה המלאך, וכמוה היא הבטיחה להועיד את בנה לעבודת האל. מן מאה השישית הופיעו כתבים נוצריים המתארים את מקום לידתה של מרים כנצרת, כך שמסורת לידתה בירושלים נותרה כמסורת מקומית; במערב נתקבלה הדעה כי מרים נולדה בנצרת.
את הכנסייה של ימינו בנו הצלבנים בשנות ה-40 של המאה ה-12 והקדישו אותה לאנה הקדושה, אמה של מריה. בכך בעצם הופרדו שתי המסורות לשני מתחמים שונים: זו של ריפוי הנכה, וזו של לידת מרים. לצד הכנסייה החדשה הוקם, בנוסף, גם מנזר.
הכנסייה היא דוגמה לטיפוס הנפוץ ביותר של כנסייה צלבנית בארץ ישראל; בזיליקה עם אולם תווך ושתי סיטראות, המסתיימות במזרח בשלוש אפסידות מקבילות. המבנה משלב סגנון בנייה רומנסקי מוקדם עם מסורות בנייה מקומיות נוצריות קדומות, ועם השפעות ביזנטיות. לדוגמה: הכיפה מעל מקום ההצטלבות של אולם התווך עם הטרנספט. באגף הימני מדרגות המובילות לקריפטה מהתקופה הרומית שלפי המסורת הוא מקום לידתה של מרים.
בשנת 1187, לאחר שהביס את הצלבנים, הפך צלאח א-דין את הכנסייה למדרסה מוסלמית (בית ספר מוסלמי) שנקראה על שמו: א-צלאחיה. הדבר מתואר גם כיום בכתובת מעל למשקוף הכניסה. בהפיכת הכנסייה למדרסה מייד עם כיבוש העיר על ידי צלאח א-דין, נשמר המבנה היטב והוא מהווה אחת הדוגמאות היפות לארכיטקטורה הצלבנית בירושלים. במהלך המאה ה-19 ידוע כי המבנה שימש כאורווה של חיל המצב הטורקי, שהוצב בקרבת מקום. לצליינים לא הותר לרדת לקריפטה דרך המדרגות אלא רק דרך חלון קטן, עליו מצביעים בכנסייה עד היום.
בשנת 1856 נמסרה הכנסייה לידי נפוליון השלישי, כאות תודה על עזרת הצרפתים לעות'מאנים במלחמת קרים. הכנסייה שוקמה על ידי הצרפתים ונמסרה לידי מסדר האבות הלבנים(שנועד לפעילות מיסיונרית באפריקה). מתחם סנטה אנה הוא אפוא מן המקומות היחידים בארץ הקודש בהם ניתן למצוא את נזירי המסדר דרך קבע.
בשנת 2013 התפלל במקום נשיא צרפת פרנסואה הולנד, במסגרת ביקורו בישראל, ובשנת 2020 התפלל במקום נשיא צרפת עמנואל מקרון, במסגרת ביקורו בישראל בו השתתף בפורום השואה העולמי החמישי.
